জগন্নাথপুর পৌরসভার সাংঘঠনিক কাঠামতে প্রধান হিসাবে আছেন পৌরসভার মেয়র জনাব আলহাজ্ব আব্দুল মনাফ মহোদয়। এছাড়াও প্রধান নির্বাহী কর্মকর্তা রয়েছেন। প্রধানত তিনটি শাখা নিয়ে পৌরসভা গঠিত। প্রকৌশল বিভাগ, প্রশাসন বিভাগ এবং স্বাস্থ্য পরিবার পরিকল্পনা ও পরিচ্ছন্ন বিভাগ। প্রকৌশল বিভাগে একজন নির্বাহী প্রকৌশলী, প্রশাসন বিভাগে একজন সচিব এবং স্বাস্থ্য পরিবার পরিকল্পনা ও পরিচ্ছন্ন বিভাগ এ একজন স্বাস্থ্য কর্মকর্তা রয়েছেন।